Terdapat enam jenis sistem pendidikan yang ditawarkan oleh MRSM. Setiap institusi MRSM hanya menjalankan satu program sahaja. Sebelum pengenalan kepada program khusus, kesemua MRSM hanya menjalankan program pendidikan biasa di mana mereka menggunakan kurikulum KBSM dan khas MARA sebagai kurikulum piawai. Walaupun terdapat beberapa sistem pendidikan yang berbeza, sistem-sistem ini masih lagi berasaskan kepada kurikulum KBSM dan MARA[11].

Setakat tahun 2017, sistem pendidikan yang ditawarkan oleh MRSM adalah:

• Pendidikan biasa
• IGCSE
• Ulul Albab
• International Baccalaureate Middle Years Programme
• Teknikal
• Sains Keusahawanan

Program Sains Keusahawanan merupakan sistem pendidikan terbaru yang ditawarkan MARA di mana MRSM Imtiaz YT Ketengah merupakan MRSM perintis untuk program ini. Manakala, hanya MRSM Bentong sahaja yang menawarkan program Teknikal. Sebahagian besar daripada MRSM di seluruh Malaysia menjalankan sistem pendidikan biasa.

Pendidikan biasa

Bagi institusi MRSM yang tidak menjalankan program khusus, pelajar ditawarkan dengan pendidikan biasa, iaitu menggunakan kurikulum piawai yang digunakan Kementerian Pendidikan Malaysia (Kurikulum Bersepadu Sekolah Menengah, KBSM) serta kurikulum khas yang dibentuk MARA. Ianya terdiri daripada dua fasa iaitu peringkat menengah rendah (tingkatan 1-3) dan menengah atas (tingkatan 4-5). Setiap fasa dipecahkan lagi kepada beberapa subjek iaitu subjek teras di mana pelajar wajib mengambil subjek ini dalam peperiksaan utama dan subjek khas iaitu antara kurikulum khas di bawah program SPMRSM[12].

Pelajar juga ditawarkan dengan pilihan badan beruniform, persatuan atau kelab dan sukan/permainan di bawah program ko-kurikulum. Di bawah kurikulum khas MARA, pelajar didedahkan dengan beberapa aktiviti berteraskan pembelajaran dan daya kreativiti seperti Minggu Kerjaya, Tunas Saintis dan Olympiad Matematik[13].

IGCSE

Sistem pendidikan IGCSE merupakan sistem pendidikan dwi-sijil yang diperkenalkan oleh MARA. Mula diperkenalkan pada sekitar tahun 2011 dengan MRSM Tun Abdul Razak merupakan MRSM perintis untuk program ini. Menerusi program ini, pelajar ditawarkan dengan dua sijil pendidikan pra-universiti yang diiktiraf oleh Kementerian Pendidikan Malaysia iaitu Sijil Pelajaran Malaysia dan Cambridge IGCSE (International General Certificate of Secondary Education). Setakat tahun 2017, terdapat 15 buah MRSM yang menawarkan program ini, di mana MARA mensasarkan 45 buah MRSM di seluruh Malaysia bakal melaksanakan program ini[14].

Dalam program IGCSE, pelajar akan mempelajari dua jenis kurikulum iaitu Kurikulum Bersepadu Sekolah Menengah (KBSM) yang merupakan kurikulum piawai untuk pendidikan menengah di Malaysia serta kurikulum Cambridge Antarabangsa. Pelajar akan mengambil empat jenis peperiksaan seperti berikut:

• Peperiksaan Cambridge checkpoint
• Peperiksaan PT3
• Peperiksaan IGCSE
• Peperiksaan SPM

Secara umumnya, pelajar yang mengambil program IGCSE akan melalui fasa pendidikan seperti berikut:

Bagi pelajar MRSM-IGCSE, mereka mempunyai kelebihan untuk mengambil peperiksaan IGCSE di akhir Tingkatan 4 dan peperiksaan SPM ketika di Tingkatan 5. Sijil IGCSE boleh digunakan untuk melanjutkan pelajaran di peringkat lebih tinggi seperti A level di United Kingdom atas tajaan sendiri.

Ulul Albab

Sistem pendidikan Ulul Albab (atau dikenali sebagai SPMRSM Ulul Albab) merupakan sistem pendidikan yang berteraskan kepada pengajian Islam. Idea untuk memperkenalkan sistem pendidikan berteraskan Islam ini datangnya dari Datuk Seri Idris bin Jusoh[15]. Pada tahun 2009, MRSM Kota Putra telah dipilih sebagai SPMRSM Ulul Albab yang pertama, diikuti MRSM Gemencheh pada tahun 2010, MRSM Kepala Batas pada tahun 2011 dan MRSM Sungai Besar pada tahun 2016. Menerusi program ini, pelajar akan didedahkan kepada kurikulum sedia ada yang digunakan dalam pendidikan biasa, dan ditambah dengan beberapa subjek berkaitan pengajian Islam. Menerusi program Ulul Albab, terdapat tiga ciri utama yang akan dipupuk[15].

Quranik
Pelajar mampu menghafal Al-Quran sebanyak 30 juzuk dalam masa tiga tahun serta memahami isi kandungannya.

Ensiklopedik
Pelajar mampu berkomunikasi dalam beberapa bahasa asing yang lain seperti Bahasa Mandarin, Bahasa Arab dan Bahasa Jepun

Ijtihadik
Pelajar mampu memberikan pandangan dan buah fikiran dalam menjawab persoalan-persoalan ummah serta berfikiran kreatif.

MARA kini sedang dalam perancangan untuk membuka beberapa lagi MRSM Ulul Albab yang baru[16].

MRSM Teknikal

Dalam bengkel Rancangan Malaysia ke-11(MARA), satu daripada inisiatif yang dicadangkan ialah supaya MARA mengambil langkah memperkenalkan subjek teknikal di MRSM. Sehubungan dengan itu, Bahagian Pendidikan Menengah MARA (BPM) menyediakan satu kurikulum teknikal yang selari dengan program pendidikan menengah yang berkualiti kepada pelajar MRSM. Dalam usaha untuk merealisasikan program ini, MRSM Bentong telah dipilih sebagai MRSM Teknikal pertama. MRSM Bentong akan dijadikan Pusat Pembelajaran Teknikal dan Robotik MRSM dengan mengaplikasikan modul Sains Kejuruteraan seawal Tingkatan 1 di samping penggunakan peralatan makmal yang canggih.

Kurikulum

Kurikulum asas Menengah rendah dan menengah atas seperti MRSM lain, cuma terdapat tambahan subjek bagi MRSM Teknikal :

i. Menengah Rendah : Sains Kejuruteraan

Modul pengajiannya lebih kepada penerokaan teknikal dari segi minat, asas kemahiran, kerja tangan dan budaya. Pendedahan awal pada bidang robotik, pengaturcaraan komputer dan teknikal.

ii. Menengah Atas :

a. Lukisan Kejuruteraan - diwajibkan (modul asas & autocad)

b. Kejuruteraan Elektrikal & Elektronik atau Kejuruteraan Mekanikal - Pilihan pelajar.

iii. Bahasa Inggeris sebagai bahasa pengantar bagi subjek teknikal, sains dan matematik.

iv. Pelajar juga dikehendaki untuk menguasai satu bahasa asing. (Pilihan bahasa bergantung kepada tenaga pengajar).

MRSM IB MYP

SPMRSM MYP adalah sistem pendidikan MRSM yang menawarkan Program Pertengahan Tahun disediakan oleh Pendidikan Baccalaureate Antarabangsa (IB education). SPMRSM MYP berjalan dalam program sekolah lima tahun. Middle Years Programme (MYP) menyediakan rangka kerja pembelajaran yang menggalakkan pelajar untuk menjadi kreatif, kritikal dan pemikiran yang reflektif. MYP adalah cukup fleksibel untuk menampung keperluan kurikulum luar negara atau tempatan.

MRSM Sains Keusahawanan

SPMRSM Sains Keusahawanan menerapkan elemen keusahawanan melalui subjek prinsip perakaunan dan ekonomi.Sehubungan dengan itu,MRSM Imtiaz YT KETENGAH telah dipilih sebagai MRSM Keusahawanan yang pertama.MRSM ini juga adalah kerjasama di antara  Kementerian Kemajuan Luar Bandar dan Wilayah Malaysia di bawah agensi MARA, kerajaan negeri Terengganu di bawah Lembaga Kemajuan Terengganu Tengah (KETENGAH) serta Yayasan Terengganu (YT).MRSM ini juga adalah satu-satunya MRSM yang mempuyai tiga sijil yang akan diberi kepada pelajar selepas tamat pengajian tingkatan 5.Sijilnya adalah:

-Sijil Pelajaran Malaysia

-Sijil Penilaian Maktab Rendah Sains Mara

-Sijil Keusahawanan

Kurikulum

Kurikulum asas menengah atas adalah seperti MRSM lain, cuma terdapat tambahan subjek bagi MRSM Keusahawanan:

i.Menengah Atas :

a.Ekonomi- diwajibkan ambil.

b.Prinsip Perakaunan- diwajibkan ambil.

ii.Bahasa Inggeris sebagai bahasa penghantar bagi subjek keusahawanan,sains dan matematik.

iii.Pelajar-pelajar juga akan mempelajari modul keusahawanan yang mengandungi elemen-elemen yang mampu menerapkan

sifat-sifat keusahawanan.